DNA结合蛋白和RNA结合蛋白识别数据库

2021
01/18

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医学数据库百科
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我们都知道,蛋白质可以通过与核酸(DNARNA)的相互作用来调节细胞的各种功能,例如基因表达,转录控制,翻译,转录后调控,可变剪接,染色质稳定性及修饰等,参与一些重要的疾病,如癌症的发生发展。因此,准确鉴定与DNARNA结合的蛋白质非常重要。当然,实验是准确性最高的,可以准确识别这些蛋白质,比如ChIP。但是对于没钱的穷学僧怎么办?就止步不前了嘛?

当然不,今天小编就来给大家介绍一个用于识别DNA结合蛋白(DBP)和RNA结合蛋白(RBP)的在线网站:iDRBP_MMC。说起RBP,相比大家不会太陌生,前些天刚给大家分享过一个识别RBP的网站,RBP2GO,具体没看过的小伙伴可以去看一下,这里就不过多赘述了。

iDRBP_MMC是一种新的基于序列的用于鉴定DNA结合蛋白和RNA结合蛋白的计算预测因子。采用了多标签学习和一种新颖的基于基序的卷积神经网络。它减少了DNA结合蛋白和RNA结合蛋白之间的交叉预测,并提高了识别DNA结合蛋白和RNA结合蛋白的预测性能,克服了交叉预测问题(DBP预测器倾向于将RBP预测为DBP,而RBP预测器倾向于将DBP预测为RBP,是预测核酸结合蛋白的有用工具。

iDRBP_MMC的框架和工作过程如下图所示。

其实这个网站内容非常简单,只需要三步:输序列,提交,看结果,完事儿!那下面咱们就简单来操作一下。

Step 1:输入要查询的蛋白质序列

首先点击菜单栏的“Server”,进入查询界面。这里小编以网站给的示例数据为例,进行简要介绍。单击“Examples”,以自动输入内置序列;或者通过单击“选择文件”按钮直接上传下载好的FASTA序列。

注:所有输入序列均应采用FASTA格式。“Reset”可以清空所有输入序列。电子邮件地址为非必选项,小编建议输入,以供保存结果。

Step 2:提交查询

点击Submit后,将进入下图处理页面。下图代表工作正在处理中,耐心等待即可(一般约需5min)。或者可将以下链接复制保存,留待以后查询也可。

Step 3:查看结果

分析完毕后,将显示具体分析结果。注意,结果将仅保存7天,所以我们要记得点击“Download”进行下载保存。

好啦,关于这个数据库的使用,就先具体介绍在这里,大家可以快去试一试自己的蛋白,为你的科研开发一下思路呀。


本文由作者自行上传,并且作者对本文图文涉及知识产权负全部责任。如有侵权请及时联系(邮箱:nanxingjun@hmkx.cn
关键词:
蛋白,数据库,RNA,序列,RBP,网站,DNA

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