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零代码！这是每个临床医生都应该知道的“生信分析神器”！

2020
12/25
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生物世界
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作为临床科研工作者，如果你到现在还不知道生物信息学，那真的太out了，生信有多火？拿最有名的数据库TCGA（The Cancer Genome Atlas）来说，目前已经收录了来自1万多例病人的33种...

作为临床科研工作者，如果你到现在还不知道 生物信息学 ，那真的太out了，生信有多火？拿最有名的数据库 TCGA （The Cancer Genome Atlas） 来说，目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据，2.5PB的数据量。

在pubmed中随便搜一个TCGA，就可以发现近年来相关文献发表量在成指数级增长。


这其中，一部分是利用TCGA数据库发表的纯生信文章，比如2018年4月发表在国际顶尖 Cell 上的一篇论文： Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations .


也有很多利用 TCGA数据库 的图片给文章增色的 ，再 比如2019年3月4，耶鲁大学 陈列平 教授团队在Nature Medicine上发表得题为： Siglec-15 as an immune suppressor and potential target for normalization cancer immunotherapy  的研究论文，里面就利用 TCGA数据库 分析了Siglec-15 和T cell signature genes  (CD3E, IFNG, GZMA and GZMB)  在膀胱癌中的关系。


而这些都不需要额外的湿实验，大大提高了临床医生的科研效率。这也是生信之所以火的原因了。

但你可能要问，如果不会R语言，不会代码，怎么利用利用生信来提高科研效率呢？

或许参加过好几千一次的培训班，但结果就是，课堂上什么都会，一回去自己弄马上就被各种报错打败，自学视频，同样是困难重重。


科研界一直需要一个功能强大，不需要代码，而专为临床科研而生的，可视化分析工具，现在它终于来了：临床生信之家—— www.aclbi.com


平台是由几个临床医生联合生信大拿一起搭建，界面极其简介，左侧栏是TCGA上所有33种肿瘤类型，之后第二期会纳入非肿瘤的疾病。顶部是各种分析模块。首页特别注明了，所有数据均由R v4.0.3分析完成, 意思就是说在平台上分析的结果和拿R语言敲代码分析的结果是完全一样的，这就太爽了。


别看界面简单，该平台功能极其强大，比如想分析下 “某个基因在肺腺癌里EGFR突变和野生型病人中表达水平和预后差异”就轻而易举。

平台有极其强大的样本筛选功能，可以对样本进行除了临床信息，治疗信息的进一步筛选外，比如可以根据某一个基因是否突变筛选，某一个基因的表达量水平进行筛选，比如近年来火热的 肺腺癌EGFR野生型伴PDL-1低表达 相关研究，就完全没问题了。这也是目前已知所有第三方网站无法实现的。

样本筛选表

样本筛选好后，就可以选择需要的功能模块进一步分析啦。

单样本分析， 顾名思义就是针对某一个样本的分析，里面的工具目前包括了临床信息比较，批量生存分析，基因与生存，基因与TMB/MSI，桑基图，两基因相关性。


而多样本分析， 就是针对某几个样本之间差异的比较，目前包括以下工具：

多组生存，基因表达比较，miRNA比较，突变比较， 免疫评分，免疫检查点，甚至铁死亡，m6A。


在复杂分析里， 集成了以下耳熟能详的分析模块，比如亚组分型，基因突变景观，差异基因分析，预后模型(列线图)，预后模型(Signature)，泛癌分析。


然后，在 思维导图和视频教程 里，180师兄和911师兄讲解了如何使用“十字研究法”，交叉运用单样本和多样本工具，让课题设计思如泉涌。


这些分析如果让公司去做，估计要 几百上千甚至上万 了，而这个平台鼠标点击几下，就可以生成所有的 高清矢量图 ，更重要的是还有对应的 原始数据下载 ，这个相当重要。

不仅如此，平台还针对每一个分析结果，给出了对应 图例，方法学，结果的中英文对照 ，和参考文献，这个对我们写文章也很重要。


从课题设计，工具使用，再到零代码，一键分析，原始数据下载，再到论文写作， 不得不说，这个由一群医生创建的生信平台，实在是太懂医生了。

有木有一种相见恨晚的赶脚呢？

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关键词:
临床医生,生信,零代码,样本,基因,分析,平台

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