零代码!这是每个临床医生都应该知道的“生信分析神器”!

2020
12/25

+
分享
评论
生物世界
A-
A+

作为临床科研工作者,如果你到现在还不知道生物信息学,那真的太out了,生信有多火?拿最有名的数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)来说,目前已经收录了来自1万多例病人的33种...

作为临床科研工作者,如果你到现在还不知道 生物信息学 ,那真的太out了,生信有多火?拿最有名的数据库 TCGA (The Cancer Genome Atlas 来说,目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据,2.5PB的数据量。

在pubmed中随便搜一个TCGA,就可以发现近年来相关文献发表量在成指数级增长。


这其中,一部分是利用TCGA数据库发表的纯生信文章,比如2018年4月发表在国际顶尖 Cell 上的一篇论文: Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations .


也有很多利用 TCGA数据库 的图片给文章增色的 ,再 比如2019年3月4,耶鲁大学 陈列平 教授团队在Nature Medicine上发表得题为: Siglec-15 as an immune suppressor and potential target for normalization cancer immunotherapy  的研究论文,里面就利用 TCGA数据库 分析了Siglec-15 和T cell signature genes  (CD3E, IFNG, GZMA and GZMB)  在膀胱癌中的关系。


而这些都不需要额外的湿实验,大大提高了临床医生的科研效率。这也是生信之所以火的原因了。

但你可能要问,如果不会R语言,不会代码,怎么利用利用生信来提高科研效率呢?

或许参加过好几千一次的培训班,但结果就是,课堂上什么都会,一回去自己弄马上就被各种报错打败,自学视频,同样是困难重重。


科研界一直需要一个功能强大,不需要代码,而专为临床科研而生的,可视化分析工具,现在它终于来了:临床生信之家—— www.aclbi.com


平台是由几个临床医生联合生信大拿一起搭建,界面极其简介,左侧栏是TCGA上所有33种肿瘤类型,之后第二期会纳入非肿瘤的疾病。顶部是各种分析模块。首页特别注明了,所有数据均由R v4.0.3分析完成, 意思就是说在平台上分析的结果和拿R语言敲代码分析的结果是完全一样的,这就太爽了。


别看界面简单,该平台功能极其强大,比如想分析下 “某个基因在肺腺癌里EGFR突变和野生型病人中表达水平和预后差异”就轻而易举。

平台有极其强大的样本筛选功能,可以对样本进行除了临床信息,治疗信息的进一步筛选外,比如可以根据某一个基因是否突变筛选,某一个基因的表达量水平进行筛选,比如近年来火热的 肺腺癌EGFR野生型伴PDL-1低表达 相关研究,就完全没问题了。这也是目前已知所有第三方网站无法实现的。

样本筛选表

样本筛选好后,就可以选择需要的功能模块进一步分析啦。

单样本分析, 顾名思义就是针对某一个样本的分析,里面的工具目前包括了临床信息比较,批量生存分析,基因与生存,基因与TMB/MSI,桑基图,两基因相关性。


而多样本分析, 就是针对某几个样本之间差异的比较,目前包括以下工具:

多组生存,基因表达比较,miRNA比较,突变比较, 免疫评分,免疫检查点,甚至铁死亡,m6A


在复杂分析里, 集成了以下耳熟能详的分析模块,比如亚组分型,基因突变景观,差异基因分析,预后模型(列线图),预后模型(Signature)泛癌分析。


然后,在 思维导图和视频教程 里,180师兄和911师兄讲解了如何使用“十字研究法”,交叉运用单样本和多样本工具,让课题设计思如泉涌。


这些分析如果让公司去做,估计要 几百上千甚至上万 了,而这个平台鼠标点击几下,就可以生成所有的 高清矢量图 ,更重要的是还有对应的 原始数据下载 ,这个相当重要。

不仅如此,平台还针对每一个分析结果,给出了对应 图例,方法学,结果的中英文对照 ,和参考文献,这个对我们写文章也很重要。


从课题设计,工具使用,再到零代码,一键分析,原始数据下载,再到论文写作, 不得不说,这个由一群医生创建的生信平台,实在是太懂医生了。

有木有一种相见恨晚的赶脚呢?

本文由作者自行上传,并且作者对本文图文涉及知识产权负全部责任。如有侵权请及时联系(邮箱:nanxingjun@hmkx.cn
关键词:
临床医生,TCGA,零代码,数据库,生信

人点赞

收藏

人收藏

打赏

打赏

我有话说

0条评论

0/500

评论字数超出限制

表情
评论

为你推荐

推荐课程


社群

精彩视频

您的申请提交成功

确定 取消
剩余5
×

打赏金额

认可我就打赏我~

1元 5元 10元 20元 50元 其它

打赏

打赏作者

认可我就打赏我~

×

扫描二维码

立即打赏给Ta吧!

温馨提示:仅支持微信支付!