PCR ARRAY 应用指南 ——分子功能篇

案例一：人抗病毒响应和人干扰素受体PCR ARRAY

案例二：细胞-细胞和细胞-基质相互作用PCR ARRAY

案例三：细胞周期PCR ARRAY

案例四：凋亡PCR ARRAY

案例五：小鼠炎症反应与自身免疫PCR ARRAY

案例六：小鼠细胞外基质和粘附分子PCR ARRAY

案例七：小鼠干细胞PCR ARRAY

案例八：坏死PCR ARRAY

案例九：氧化应激PCR ARRAY

案例十：压力和毒性PCR ARRAY

● 案例一：寨卡病毒(ZIKV)损害视网膜色素上皮细胞的稳态和功能

文章信息：

Zika virus induces strong inflammatory responses and impairs homeostasis and function of the human retinal pigment epithelium

Yannick Simonin, Nejla Erkilic, Krishna Damodar, Marion Clé, Caroline Desmetz , Karine Bolloré, Mehdi Taleb

https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2018.12.010

发表杂志：EBioMedicine（IF=5）

实验材料：iPSC衍生的人视网膜色素上皮（RPE）模型

实验方法：ZIKV亚洲菌株和ZIKV非洲菌株分别感染RPE，进行人抗病毒响应和人干扰素受体PCR 阵列检测

实验目的：检验RPE对ZIKV的抗病毒响应机制

使用芯片：人抗病毒响应和人干扰素受体PCR ARRAY

● 案例二：去细胞化的胞外基质生物墨水和外部刺激增强体外培养心脏组织的发育

文章信息：

Decellularized extracellular matrix bioinks and the external stimuli to enhance cardiac tissue development in vitro

Sanskrita Das , Seok-Won Kim , Yeong-Jin Choi , Sooyeon Lee , Se-Hwan Lee , Jeong-Sik Kong , Hun-Jun Park , Dong-Woo Cho , Jinah Jang

https://doi.org/10.1016/j.actbio.2019.04.026

发表杂志：Acta Biomaterialia（IF=7）

实验材料：3D打印技术制造的工程心脏组织细胞 （EHT）

实验方法：不同浓度细胞外基质（ECM）处理EHT，然后用细胞-细胞和细胞-基质相互作用PCR ARRAY检测EHT

实验目的：通过细胞-细胞和细胞-基质相互作用PCR ARRAY筛选涉及调节心脏组织结构的基因

使用芯片：细胞-细胞和细胞-基质相互作用PCR ARRAY

● 案例三：细胞周期调控和抑癌RNA的过度编辑促进恶性祖细胞增殖

文章信息：

Hyper-Editing of Cell-Cycle Regulatory and Tumor Suppressor RNA Promotes Malignant Progenitor Propagation

Qingfei Jiang, Jane Isquith, Maria Anna Zipeto, ..., Gabriel Pineda, Frida Holm, Catriona Jamieson

https://doi.org/10.1016/j.ccell.2018.11.017

发表杂志：Cancer Cell（IF=26）

实验材料：正常脐带血，慢性粒细胞白血病急变期和慢性期病人脐带血

实验方法：通过细胞周期PCR阵列在用ADAR1 WT，ADAR1 E912A和慢病毒载体转导的脐带血造血干细胞和祖细胞HSPC（n = 5）上的84个转录本进行qPCR检测

实验目的：筛选差异表达的细胞周期基因

使用芯片：细胞周期PCR ARRAY

● 案例四：TCDD通过使全身和肝脏铁稳态失调来促进肝纤维化

文章信息：

TCDD promotes liver fibrosis through disordering systemic and hepatic iron homeostasis

Changying Li , Yingying Liu , Zheng Dong , Ming Xu , Ming Gao , Min Cong , Sijin Liu

https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2020.122588

发表杂志：Journal of Hazardous Materials （IF=9）

实验材料：72只雄性Balb / C 小鼠随机分为12组 （n = 6）

实验方法：用不同剂量TCDD处理Balb / C小鼠，随后进行凋亡PCR ARRAY检测

实验目的：研究TCDD诱导的肝细胞凋亡的机制

使用芯片：凋亡PCR ARRAY

● 案例五：浆细胞是衰老的骨髓中促进骨髓生成的专一性效应因子

文章信息：Plasma Cells Are Obligate Effectors of Enhanced Myelopoiesis in Aging Bone Marrow

Peter D. Pioli, David Casero, Encarnacion Montecino-Rodriguez, Sherie L. Morrison, Kenneth Dorshkind

https://doi.org/10.1016/j.immuni.2019.06.006

发表杂志：Immunity（IF=26）

实验材料：C57BL/6J幼鼠和老年鼠

实验方法：幼鼠和huCD20和muCD138处理的老年小鼠浆细胞分选出My-HSCs和CMPs，使用84个基因的小鼠炎症反应和自身免疫PCR阵列检测My-HSCs和CMPs

实验目的：年龄对幼鼠和huCD20和muCD138处理的老年鼠细胞因子和趋化因子的基因表达影响

使用芯片：小鼠炎症反应与自身免疫PCR ARRAY

● 案例六：Smad2和Smad3在调节小鼠成纤维细胞体内稳态功能中的作用

文章信息：

The role of Smad2 and Smad3 in regulating homeostatic functions offibroblasts in vitro and in adult mice

Shuaibo Huang, Bijun Chen, Claudio Humeres, Linda Alex, Anis Hanna, Nikolaos G. Frangogiannis 

https://doi.org/10.1016/j.bbamcr.2020.118703

发表杂志：BBA - Molecular Cell Research （IF=4）

实验材料：C57 / BL6J小鼠

实验方法：从正常小鼠（C57 / BL6J）心脏中分离并培养成纤维细胞，Smad2 siRNA、Smad3 siRNA、Smad2-siRNA+Smad3 siRNA转染成纤维细胞，对细胞进行小鼠细胞外基质和粘附分子PCR 阵列检测

实验目的：敲低Smad2和Smad3对小鼠心脏成纤维细胞基线胶原基因转录的影响

使用芯片：小鼠细胞外基质和粘附分子PCR ARRAY

● 案例七：Ras激活有助于乳腺癌小鼠模型中Sca-1 pos细胞的维持和扩增

文章信息：Ras activation contributes to the maintenance and expansion of Sca-1 pos cells in a mouse model of breast cancer

Ran-Ju Kim , Soo-Rim Kim , Kyung-Jin Roh , Sang-Bum Park , Jeong-Ran Park

https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2014.10.010

发表杂志：Cancer Letters（IF=7）

实验材料：人乳腺癌4T1细胞

实验方法：Sca-1标记的4T1细胞分为Sca-1 pos组，Sca -1 neg 组和对照组，然后使用小鼠干细胞PCR阵列进行检测

实验目的：比较Sca-1 pos和Sca-1 neg 之间干细胞相关基因的基因表达差异

使用芯片：小鼠干细胞PCR ARRAY

● 案例八：MsrA调节并保护细胞免受生殖支原体对细胞的毒害

文章信息：

Methionine sulfoxide reductase A (MsrA) modulates cells and protects against Mycoplasma genitalium induced cytotoxicity

Kishore Das , Omar Garnica, Javier Flores , Subramanian Dhandayuthapani

https://doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2020.03.019

发表杂志：Free Radical Biology and Medicine （IF=6）

实验材料：HeLa细胞，生殖支原体G37

实验方法：G37感染HeLa细胞组，MsrA预处理HeLa细胞组，G37感染MsrA预处理HeLa细胞组和对照组进行含84个基因的坏死PCR ARRAY检测

实验目的：通过坏死PCR ARRAY筛选出G37感染HeLa细胞中，细胞死亡的核心基因

使用芯片：坏死PCR ARRAY

● 案例九：氟氰菊酯（CYF）对人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞的氧化应激及相关基因表达的影响

文章信息：

Oxidative stress and related gene expression effects of cyfluthrin in human neuroblastoma SH-SY5Y cells: Protective effect of melatonin

María-Aránzazu Martínez, José-Luis Rodríguez, Bernardo Lopez-Torres, Marta Martínez, María-Rosa Martínez-Larrañaga, Arturo Anadón, Irma Ares

https://doi.org/10.1016/j.envres.2019.108579

发表杂志：Environmental Research（IF=5）

实验材料：人多巴胺能神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞系

实验方法：SH-SY5Y细胞CYF处理组，CYF+MEL处理组和对照组进行氧化应激PCR ARRAY检测

实验目的：氟氰菊酯对人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞氧化应激的影响

使用芯片：氧化应激PCR ARRAY

● 案例十：吸烟和肥胖为变量研究人类对环境危险因素的敏感度

文章信息：

Transcriptional differences between smokers and non-smokers and variance by obesity as a risk factor for human sensitivity to environmental exposures

Maria Nikodemova, Jeremiah Yee, Patrick R.Carney, Christopher A.Bradfield, Kristen MC.Malecki

https://doi.org/10.1016/j.envint.2018.02.016

发表杂志：Environment International（IF=7）

实验材料：吸烟者25人，不吸烟者25人，其中吸烟者有15人不胖，10人肥胖

实验方法：取测试者血液进行含84个基因的压力和毒性PCR ARRAY检测

实验目的：比较吸烟者和不吸烟者之间、肥胖者和不胖者之间的压力和毒性相关基因表达差异

使用芯片：压力和毒性PCR ARRAY