PCR ARRAY应用——信号通路篇

 ·案例一：WNT信号通路PCR ARRAY

 ·案例二：Toll样受体信号通路和炎性细胞因子PCR ARRAY

 ·案例三：小鼠TGF-β/BMP信号通路PCR   ARRAY

 ·案例四：小鼠p53信号通路PCR ARRAY

 ·案例五：大鼠NFκB信号通路PCR ARRAY

 ·案例六：人MAPK信号通路PCR ARRAY

 ·案例七：人低氧信号通路PCR ARRAY

 ·案例八：人DNA损伤信号通路PCR ARRAY

 ·案例九：人细胞死亡通路发现PCR ARRAY

 ·案例十：DNA修复信号通路PCR ARRAY

案例一

CCN3对系统性硬化症和马凡氏综合征中原纤维形成的拮抗作用

文章信息：

Antagonistic Effect of the Matricellular Signaling Protein CCN3 on TGF-b- and Wnt-Mediated Fibrillinogenesis in Systemic Sclerosis and Marfan Syndrome

Raphael Lemaire , Giuseppina Farina, Julie Bayle , Michael Dimarzio 

doi:10.1038/jid.2010.15

发表杂志：Journal of Investigative Dermatology （IF=7）

实验材料：弥漫性系统硬化症（SSc）患者皮肤

实验方法：弥漫性SSC患者(n=12)和健康对照者(n=5)皮肤进行WNT信号通路PCR ARRAY检测

实验目的：研究弥漫性SSc皮肤中fibrillin-1和CCN3和Wnt刺激的关联，检测了弥漫性SSc中的Wnt信号和活性。

使用芯片：WNT信号通路PCR ARRAY

案例二

急性应激对脾脏固有免疫功能的影响

文章信息：

The impact of acute-stressor exposure on splenic innate immunity: A gene expression analysis

Thomas Maslanik , Isaac Bernstein-Hanley , Bryan Helwig , Monika Fleshner

https://doi.org/10.1016/j.bbi.2011.08.006

发表杂志：Brain, Behavior, and Immunity （IF=6）

实验材料：344只成年雄性Fisher大鼠

实验方法：对大鼠进行压力试验，随后用toll样受体信号和炎症细胞因子和受体PCR阵列比较应激组和对照组大鼠脾脏基因表达的差异

实验目的：研究急性应激源暴露对脾脏免疫调节因子表达的影响。

使用芯片：Toll样受体信号通路PCR ARRAY和炎性细胞因子PCR ARRAY

案例三

TGF-β途径介导阿霉素（DOX）对心肌内皮细胞的作用

文章信息：

The TGF-β pathway mediates doxorubicin effects on cardiac endothelial cells

Zuyue Sun , Jill Schriewer , Mingxin Tang , Jerry Marlin , Frederick Taylor 

https://doi.org/10.1016/j.yjmcc.2015.12.010

发表杂志：Journal of Molecular and Cellular Cardiology （IF=4）

实验材料：C57BL/6 小鼠

实验方法：实验组小鼠注射Dox无菌盐水溶液（n=24，每只动物每周注射6次Dox），对照组小鼠注射生理盐水（n=17），BMP/TGF-β途径PCR阵列分析Dox治疗6周后小鼠心脏的基因表达情况

实验目的：研究阿霉素对小鼠心脏基因表达的影响

使用芯片：小鼠TGF-β/BMP信号通路PCR ARRAY

案例四

Mdm2 Ser394的ATM磷酸化调节小鼠DNA损伤反应

文章信息：

ATM Phosphorylation of Mdm2 Ser394 Regulates the Amplitude and Duration of the DNA Damage Response in Mice

Hugh S. Gannon, Bruce A. Woda, and Stephen N. Jones

DOI 10.1016/j.ccr.2012.04.011

发表杂志：Cancer Cell （IF=26）

实验材料：带有Mdm2 Ser394的小鼠

实验方法：使用p53信号通路PCR阵列对受辐照的WT小鼠和A / A纯合小鼠、D / D纯合小鼠胸腺细胞中的多个p53靶基因进行分析

实验目的：研究经辐照处理的小鼠胸腺细胞中Mdm2 Ser394对p53靶基因的激活机制

使用芯片：p53信号通路PCR ARRAY

案例五

慢性青春期应激性（CAS）改变大鼠中枢和周围神经免疫反应性

文章信息：

Chronic Adolescent Stress Sex-Specifically Alters Central and Peripheral Neuro-Immune Reactivity in Rats

Mandakh Bekhbat, Paul A. Howell, Sydney A. Rowson, Sean D. Kelly, Malú G. Tansey, Gretchen N. Neigh

https://doi.org/10.1016/j.bbi.2018.12.005

发表杂志：Brain, Behavior, and Immunity （IF=6）

实验材料：将大鼠分为四组：1）雌性/NS/LPS后2h；2）雌性/CAS/LPS后2h；3）雄性/NS/LPS后2h；4）雄性/CAS/LPS后2h

实验方法：雄性和雌性青春期大鼠进行CAS范式压力或未受到任何压力。压力试验后所有大鼠注射脂多糖或媒介物的，NFκB信号PCR芯片检测大鼠海马体

实验目的：在雄性和雌性大鼠海马体中CAS对NFκB相关基因的表达的影响

使用芯片：大鼠NFκB信号通路PCR ARRAY

案例六

IGF1R/IRS1可抑制急性淋巴细胞白血病细胞PI3K/AKT/mTOR和MAPK信号转导

文章信息：

IGF1R/IRS1 targeting has cytotoxic activity and inhibits PI3K/AKT/mTOR and MAPK signaling in acute lymphoblastic leukemia cells

Jaqueline Cristina Fernandes , Bruna Alves Fenerich , Juan Luiz Coelho-Silva, Priscila Santos Scheucher

https://doi.org/10.1016/j.canlet.2019.04.030

发表杂志：Cancer Letters（IF=7）

实验材料：人急性淋巴细胞白血病细胞系Jurkat、MOLT-4、Namalwa、Raji和来自健康捐赠者和所有患者的原代细胞

实验方法：DMSO和NT157处理Jurkat细胞，使用PCR阵列测试了它们对MAPK调控基因表达的影响

实验目的：为了研究IGF1R信号抑制剂影响细胞周期进程的分子机制

使用芯片：人MAPK信号通路PCR ARRAY

案例七

长期低氧对乳腺癌细胞系MCF7基因表达的影响

文章信息：

Gene expression alterations in chronic hypoxic MCF7 breast cancer cell line

Feda' H. Hamdan, Malek A. Zihlif

https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2014.10.010

发表杂志：Genomics（IF=6）

实验材料：MCF7乳腺癌细胞

实验方法：将MCF7细胞暴露于低氧环境中，常氧细胞为对照，进行低氧信号通路PCR阵列检测

实验目的：缺氧细胞与常氧细胞基因表达差异

使用芯片：人低氧信号通路PCR ARRAY

案例八

金雀异黄素对HL-7702细胞的辐射防护作用

文章信息：

Radioprotective effects of genistein on HL-7702 cells via the inhibition of apoptosis and DNA damage

Lihua Song , Lijun Ma , Fengsong Cong , Xiuhua Shen , Pu Jing , Xiong Ying, Haiyue Zhou, Jing Jiang , Yongye Fu , Hongli Yan

https://doi.org/10.1016/j.canlet.2015.06.008

发表杂志：Cancer Letters（IF=7）

实验材料：人胚肝L-02细胞

实验方法：L-02细胞分为非处理对照组（NC）、金雀异黄素处理组（GEN）、辐射（R）组和金雀异黄素+辐射组（GEN+R），使用含96个基因的DNA损伤信号通路PCR ARRAY检测

实验目的：研究GEN减轻放射线诱导的DNA损伤的分子机制。

使用芯片：人DNA损伤信号通路PCR ARRAY

案例九

草甘膦对人神经母细胞瘤细胞氧化应激、神经元发育和细胞死亡信号通路的影响

文章信息：

Use of human neuroblastoma SH-SY5Y cells to evaluate glyphosate-induced effects on oxidative stress, neuronal development and cell death signaling pathways

María-Aránzazu Martínez, José-LuisR odríguez, Bernardo Lopez-Torres

https://doi.org/10.1016/j.envint.2019.105414

发表杂志：Environment International （IF=7）

实验材料：人多巴胺能神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞系

实验方法：草甘膦和AMPA处理细胞，进行细胞死亡通路发现PCR ARRAY检测，对比处理组和对照组基因表达差异

实验目的：草甘膦和AMPA对细胞死亡途径基因表达谱的影响

使用芯片：人细胞死亡通路发现PCR ARRAY

案例十

甲醛（FA）和丙烯醛（ACR）混合物对人支气管上皮BEAS-2B细胞的分子机制

文章信息：

The multiplex interactions and molecular mechanism on genotoxicity induced by for-maldehyde and acrolein mixtures on human bronchial

Sen Zhang, Huan Chen, Jingni Zhang, Jun Li, Hongwei Hou, Qingyuan Hu

https://doi.org/10.1016/j.envint.2020.105943

发表杂志：Environment International （IF=7）

实验材料：人支气管上皮BEAS-2B细胞

实验方法：甲醛（FA），丙烯醛 （ACR），甲醛和丙烯醛混合物（FAM）处理BEAS-2B细胞，进行DNA修复信号通路PCR ARRAY检测

实验目的：研究FA，ACR，FAM在DNA修复信号通路中的分子机制

使用芯片：DNA修复信号通路PCR ARRAY