北大教授朱怀球:水貂可能是病毒中间宿主

2020
03/24

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湖北健康
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通过比较所有宿主在脊椎动物上的病毒传染模式,发现水貂病毒的传染性模式更接近新型冠状病毒。


新型冠状病毒感染的肺炎疫情汹涌,但病毒的传染源至今未明。1月24日,北京大学工学院生物医学工程系教授朱怀球团队发表的研究文章提示,蝙蝠和水貂可能是新型冠状病毒的两个潜在宿主,其中水貂可能为中间宿主。  

消息一出,引来广大网友讨论。水貂是新型冠状病毒的中间“祸根”?研究结果是怎么出来的?2月1日,长江日报采访了朱怀球教授,毕业于华中科技大学的他,因工作原因多次来武汉,对武汉有着深厚的感情。  

朱怀球教授团队的研究工作题为“深度学习算法预测新型冠状病毒的宿主和感染性”,发表于bioRxiv预印版平台,研究使用的是基于深度学习算法开发的VHP(病毒宿主预测)方法,用以预测了新型冠状病毒潜在宿主以及感染性。  

究提示,与感染其他脊椎动物的冠状病毒相比,蝙蝠SARS样冠状病毒与新型冠状病毒具有更相似的感染模式。  

 
此外,通过比较所有宿主在脊椎动物上的病毒传染模式,发现水貂病毒的传染性模式更接近新型冠状病毒。这说明,蝙蝠和水貂可能是新型冠状病毒的两个潜在宿主。  

图为朱怀球教授(后排左四)和他的团队。朱怀球提供

 

 

长江日报:研究结果是怎么出来的?  

朱怀球:我们长期以来都从事微生物基因组的研究,主要是生物信息学算法和工具的研发。我所在的团队承担了一项生物安全国家重点研发计划的任务,专项为期三年,2020年是第三年。像新型冠状病毒这一类新发现病毒,正是这个课题需要研究的问题。  

近几年来,我们发展了各种微生物组学、病毒组学的生物信息学算法,主要是基于机器学习、深度学习等原理。这一次新型冠状病毒肺炎的出现,我们的研究派上了用场,也体现了这个国家重点专项的意义和重要性。  

新型冠状病毒感染的肺炎暴发以来,我们与浙江大学传染病诊治国家重点实验室的肖永红教授联合攻关,运用我们自主发展的算法,大规模分析了现有数据,包括新型冠状病毒及其他冠状病毒的基因序列,以及GenBank(基因数据库)中所有可用的脊椎动物病毒数据等。  

概括地讲,我们的工作是在长期积累的背景下完成的,并非一朝一夕的结果。同时,我也非常感谢整个团队的努力。最近一段时间,我们整个团队都在连轴转,基本没有休息。参加这项工作的研究生也包括了家在湖北的同学,他们都是顶着疫情变化带来的压力在工作,目前还有部分学生留在实验室,大部分通过远程进行计算和分析。  


长江日报:新型冠状病毒与其他冠状病毒有哪些共同点?  

朱怀球: 我们对新型冠状病毒与其他已知的全部48个冠状病毒的基因组进行系统发育分析、蛋白比对。  

结果表明,它们确实具有很大的相似性,其中,新型冠状病毒(2019-nCoV)与蝙蝠SARS样冠状病毒的亲缘性最近。重要的是,我们的预测对于2019-nCoV与其他感染人的冠状病毒给出了非常接近的感染性打分,它们分别是严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)、蝙蝠SARS样冠状病毒和中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV),特别是蝙蝠SARS样冠状病毒。  

当然,大家关注的是我们进一步的分析结果。我们通过比较新型冠状病毒与所有脊椎动物病毒的感染性得分模式,发现水貂的病毒的感染性得分模式与2019-nCoV更接近。  

因此,我们说,蝙蝠和水貂可能是新型冠状病毒的两个宿主来源。蝙蝠作为新型冠状病毒的自然宿主,这一说法目前得到较多的认可。而水貂有可能为中间宿主。  


长江日报:研究主要基于日前公布的新型冠状病毒全基因组序列吗?  

朱怀球:是的。对科学研究来说,病毒的全基因组序列非常重要。实际上,目前进行的新型冠状病毒和相似病毒的进化分析、新型冠状病毒的检测方法,都得益于全基因组序列的信息。  

另外,病毒发病机制研究、新型冠状病毒治疗药物及疫苗的研发,也应该从全基因组序列出发。在此,我们非常感谢国内各相关机构,以及在疫情一线工作的科学家,他们第一时间完成了基因组测序的工作,又以科学共享的精神把数据发布,使得我们能够尽快地做基因组的分析。  


长江日报:对研究结果有信心吗?  

朱怀球:我们的工作目前发表在bioRxiv预印版平台,并没有在期刊上正式发表。在bioRxiv这样一个共享平台上公布结果的想法是,我们必须尽快向社会报告我们的结果,这是科学研究的责任,以报告结果为目的,希望能够为疫情进一步的防控做贡献。  

 
正在疫情一线工作的医疗人员,他们是真正的英雄,值得我们学习。我们科研人员只能是抓紧时间做一点可以做的事情。  

科学研究有它的规律,也是应该容错的。重要的是,科学研究鼓励方法的探索和创新,鼓励我们为正确的结果提供更多的有意义的线索。我觉得,我们这是一个探索,也是在责任心的驱使下为未来的防控提供一个线索,非常感谢大家对我们工作的关注。  

长江融媒出品 记者:方历娇 编辑:欧阳崧 校对:杨梅  
本文由作者自行上传,并且作者对本文图文涉及知识产权负全部责任。如有侵权请及时联系(邮箱:guikequan@hmkx.cn

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