肠道真菌可预测肿瘤免疫治疗疗效！Cell子刊发表仁济医院最新研究成果

11月8日，上海交通大学医学院附属仁济医院消化科陈豪燕和洪洁团队在Cell子刊《细胞·宿主与微生物》（Cell Host & Microbe，IF：30.3）以推荐论文(Featured Article)形式在线发表重要研究成果，首次揭示了肠道真菌谱具有预测肿瘤免疫治疗疗效的作用，且肠道真菌预测准确性更高。该研究为筛选肿瘤免疫治疗的应答者，从而提高免疫治疗的适用性提供了新思路。

肿瘤免疫检查点抑制剂(immune checkpoint blockade，ICB)是癌症治疗的重大突破。然而，只有一小部分癌症患者对免疫检查点抑制剂治疗有应答反应。近年来，越来越多的研究报道了肠道细菌结构能影响癌症患者使用免疫检查点抑制剂的有效性。然而，人体肠道菌群的构成主要由饮食和生活方式决定，不同地区或人种间的肠道菌群构成存在明显差异。因此，先前研究中关于免疫检查点抑制剂疗效相关的肠道菌群特征结果并不一致。

为了解决这个问题，有学者对相关研究进行了整合分析，以确定在不同研究中普遍存在的能预测免疫检查点抑制剂应答的细菌，并对细菌的预测性能进行了评估。然而，肠道细菌的预测效果并不令人满意。真菌是人类肠道微生物群中不可或缺的一部分，在塑造宿主免疫和维持肠道内稳态方面起着至关重要的作用，但肠道真菌与免疫检查点抑制剂应答的关系目前尚不清楚。

本研究整合了来自不同国家、不同肿瘤类型的使用ICB治疗的9个宏基因组队列，同时计算了肠道真菌及细菌双界微生物组，发现了可用于预测ICB治疗应答的真菌及细菌标志物。研究团队通过构建随机森林模型，预测癌症患者对免疫检查点抑制剂的应答反应。结果显示，肠道真菌具有良好的预测效能且其预测效能比细菌更高。此外，整合细菌及真菌双界标志物进行预测时会达到最好的预测效果。根据真菌标志物预测的应答者肿瘤免疫微环境中有更多的耗竭性T细胞浸润，且该类患者的生存期优于不应答者。双界网络分析及微生物功能预测分析表明，真菌Schizosaccharomyces octosporus可能在应答者肠道中将淀粉发酵成短链脂肪酸，从而促进免疫检查点抑制剂治疗的应答。

这项研究首次揭示了肿瘤免疫检查点应答者及不应答者全面的泛癌肠道真菌谱，发现了具有良好预测性能的双界微生物标记物，突出了真菌在预测免疫治疗疗效方面的潜力，有望提高免疫检查点抑制剂治疗的适用性，为利用这些标志物预测免疫检查点抑制剂疗效、改善应答提供新思路。

仁济医院消化科博士研究生黄孝雯、博士研究生胡慕妮、主治医师孙甜甜、上海市胸科医院肿瘤科主治医师李剑涛和仁济医院消化科博士后周一芦为该论文的共同第一作者，仁济医院消化科陈豪燕研究员和洪洁研究员为论文的共同通讯作者。本研究还得到了消化科主任房静远教授的大力支持。

原文链接：https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(23)00409-2

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