【Cell】迄今最大规模乳腺癌蛋白质组学分析：发现新亚型 提出新疗法

导言：核酸与蛋白质是构成生物体的主要大分子。随着人类基因组等大量生物体全基因组序列的破译和功能基因组研究的展开，生命科学家越来越关注如何用基因组研究的模式开展蛋白质组学的研究。

近日，贝勒医学院、麻省理工学院和哈佛大学等机构的研究人员通过强大的蛋白质组学分析，深入了解了乳腺癌的生物学复杂性。在此基础上，他们能够对已知的靶标提出更精确的诊断方法，开发侵袭性肿瘤的新治疗方法，并揭示乳腺癌耐药性的新机制。

该研究于11月18日发表在《Cell》杂志，题为“Proteogenomic Landscape of Breast Cancer Tumorigenesis and Targeted Therapy”。

蛋白质组学分析将下一代DNA和RNA测序技术与质谱分析相结合，并用计算方法对数据进行综合处理，从而对癌细胞中的蛋白质和蛋白质修饰进行深入、无偏移的定量分析。先前，美国国家癌症研究所临床蛋白质组学肿瘤分析协会（NCI-CPTAC）的研究人员已将这种蛋白质组学方法广泛应用于癌症研究。

在该研究中，研究人员表示：“重要的是，我们的分析包括磷酸化和乙酰化的鉴定，以揭示单个蛋白质活性信息的蛋白质修饰。先前在乳腺癌中未进行蛋白质乙酰化的研究。这些新方法有望提供新的生物学见解，以解决难于治疗的乳腺癌及其反应的异质性。”

同时分析遗传密码的变化以及由此产生的蛋白质功能改变，比孤立地分析每个成分，更全面地了解乳腺癌肿瘤内部的状况。

更精确的数据

研究人员使用“癌症基因组图谱”中的残留样品对乳腺癌进行了初步的蛋白质组学分析，为蛋白质组学代表乳腺癌图谱研究的进展提供了理论依据。目前的研究向前迈出了的重要一步，它包括使用特定于保留蛋白质修饰的协议收集的组织样本，分析更多的样本，对完全相同的组织片段进行基因组学和蛋白质组学鉴定，并在蛋白质磷酸化、DNA和RNA测定中加入蛋白质乙酰化图谱。近年来，蛋白质基因组分析技术已取得了长足的发展，这些前沿的方法也被应用到了该数据集中。

研究人员完成了122个治疗初期乳腺癌样本的蛋白质基因组分析。他们的分析产生了大量的数据，包括每个肿瘤内约38000个蛋白质磷酸化位点和近10000个乙酰化位点，以及全外显子和RNA测序，这些都需要先进的计算方法来分析和整合这些信息。研究人员表示：“如今，这类复杂的分析现在通常在大规模蛋白质组学数据集上进行，并且我们正在开发工具使这一过程自动化。”

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