北京新发地新冠疫情及病毒基因组序列数据公布

2020
07/01

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芒果 /  科研小芒果
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在北京取样的新冠病毒样本的序列有三个并不一样,这也暗示早在1-2个月前,新冠病毒可能已经在北京社区里传播了。

截止发文,新冠病毒已至全球8523803人感染,451734人死亡。一场流行病爆发以后,世界各国的科学家们都会测序新收集到的病毒样本。因为疫情紧急,很多科学家会把尚未发表的病毒基因序列上传到一些共享数据库与全世界共享。

今天,中国疾病预防控制中心通过“新型冠状病毒国家科技资源服务系统”发布2020年6月北京新发地新冠疫情及病毒基因组序列数据。三条数据:北京市确诊病例基因组序列数据(NMDC60013902-01、NMDC60013903-02)以及环境样本基因组序列数据(NMDC60013903-03)均是最近北京爆发的病毒样本。3个样本采集于2020年6月11日。由中国疾控中心病毒病预防控制所快速测序并且在全球共享流感数据倡议组织(GISAID)共享。

最近北京爆发的病毒样本的序列落在同一个进化簇中,该进化簇中很多都是来自欧洲的样本,与前期采样的3个输入型的病毒的基因序列很不一样。

图:全球新冠病毒进化谱。横坐标为取样时间,横坐标为突变的数目。

在全球冠状病毒的进化架构中,和这3个北京的新冠病毒序列最接近的为来自捷克、中国台湾、希腊和葡萄牙的新冠序列。

图:全球冠状病毒的进化架构

按地区分布来看,在亚洲冠状病毒的进化架构中,北京的序列和来自捷克、中国台湾、丹麦、哥伦比亚、以色列和奥地利的序列很接近。

图:亚洲冠状病毒的进化架构

在欧洲冠状病毒的进化架构中,北京的序列和来自捷克、丹麦等许多欧洲国家的序列很接近,其中和来自葡萄牙和瑞典的基因序列只相差1个突变。

图:欧洲冠状病毒的进化架构

因此从基因序列分析来看,北京最近传播的新冠病毒与欧洲流行的病毒有关。但是因为与许多国家/地区的序列类似,暂且无法定论它起源于何处,何时传入北京的。

补充信息

新型冠状病毒国家科技资源服务系统由中国科学院微生物研究所牵头的国家微生物科学数据中心与中国疾病预防控制中心牵头的国家病原微生物资源库共同建设。

新冠序列下载地址:

国家微生物科学数据中心:http://www.nmdc.cn/

新型冠状病毒国家科技资源服务系统:http://www.nmdc.cn/nCoV

序列1:NMDC60013902-01:http://nmdc.cn/resource/ncov/genome/detail/NMDC60013901-01

序列2:NMDC60013903-02:

http://nmdc.cn/resource/ncov/genome/detail/NMDC60013902-01

序列3:NMDC60013903-03:

http://nmdc.cn/resource/ncov/genome/detail/NMDC60013903-01


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关键词:
序列,病毒,国家,北京,冠状病毒

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