新冠病毒已产生149个突变点 两个亚型传染力有差异

新型冠状病毒引起的肺炎，于2019年12月下旬在武汉流行，并在中国迅速传播。截至2020年3月4日，中国共确诊80424例新冠病例，有2984人死亡。更为严峻的是，在中国之外的46个国家和地区，已有超过4000例确诊病例。新冠肺炎防治仍然处于关键阶段。

新冠病毒如何进化？是否已经发生突变？是目前学界研究的焦点之一。2020年3月3日，中国科学院主办的《国家科学评论》（National Science Review）发表的论文《关于SARS-CoV-2的起源和持续进化》（On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2）对以上问题进行了解答。

论文通讯作者为陆剑研究员（北京大学生命科学学院生物信息中心）、崔杰研究员（中国科学院上海巴斯德研究所）。

论文对目前为止最大规模的103个新冠病毒全基因组分子进化分析，取得很多重要发现。

1.新冠病毒毒株已发现149个突变点

基于对103个测序病毒株的核酸测序结果，最先发现的突变中，发现43个同义突变，83个非同义突变。

多数突变为同义突变的单例（67.4％（29/43））和84.3％（70/83）非同义突变），作者认为这显示最近的突变起源还是种群增长。

在103个测序病毒株中，科学家共发现149个突变位点。

2.新冠病毒被分为S型和L型

研究人员表示，目前并没有发现病毒株之间基因重组的证据，但是研究人员发现纳入研究的103株病毒株中有101株在位置8,782和28,144处的核苷酸显示出明显的连锁关系，72个病毒株表现出“ CT”单倍型（定义为“ L”型，因为T28,144位于亮氨酸的密码子中），29个病毒株表现出“ TC”单倍型（定义为“ S”型，因为C28,144位于丝氨酸的密码子中）。占比上看，L亚型更为普遍达到70%，S亚型占30%。通过与其他冠状病毒比较，作者发现S型新冠病毒与蝙蝠来源的冠状病毒在进化树上更接近，从而得出S型相对更古老的结论。

3.新冠病毒亚型具有地域、时间差异性

为测试两种类型的新冠病毒在时间和空间上是否存在差异分布，研究者根据分离的位置和日期对病毒进行分层。

SARS-CoV-2病毒的单倍型分析（注：蓝色代表L型，红色代表S型。橙色箭头表示L型是从S型演变而来的。研究者用病毒采集地理位置和隔离病毒的日期。）

从武汉分离出的27种病毒中，有26种（96.3％）是L型，只有1种（3.7％）为S型。但是，在武汉以外的其他73种病毒中，有45种（61.6％）L型，其中28种（38.4％）为S型。比较表明，武汉地区L型新冠肺炎的流行率明显高于其他地方（P = 0.0004）。

此外，研究人员还发现2020年1月7日之前分离出的26个样本全部来自武汉，2020年1月7日开始收集的74个样本中，只有一个来自武汉，有33个来自中国其他地方，40个来自中国以外的毒株。L型在2020年1月7日之前（96.2％，25 L和1 S）比2020年1月7日之后（62.2％，46 L和28 S）的更普遍（P = 0.0008）。

研究者还表示，L型比S型更具攻击性，但L型毒株在武汉初次爆发后有所减少，这可能和2020年1月以来，中国中央和地方政府采取了迅速全面的预防和控制措施。这些人为干预措施可能会对L型造成严重的选择性压力，使得L型毒株更具侵袭性。而S类型可能具有受到人为干预的选择性压力较弱。目前尚不清楚L型在进化过程中是如何从S型演化而来的。

4.除了S型和L型，可能存在其他突变型

这103个样本显示，大部分患者只感染了L亚型或S亚型中的一个。不过，1月21日从一名有过武汉旅行史的美国患者（USA_2020 / 01 / 21.a，GISAID ID：EPI_ISL_404253）分离出的病毒株，在两个位置8,782和28,144的基因型均为Y（C或T），显示其可能同时感染了L型和S型新冠病毒。

但目前尚不清楚该患者所感染的L型和S型病毒是否由多次感染所致，经搜索新型冠状病毒基因组库后，尚无其他患者同时感染L型和S型病毒证据。作者表示目前还无法排除新突变型的可能性。

结语：

研究者表示，在这项研究中，数据仍然非常有限，目前研究结果显示新型冠状病毒进化过程日趋复杂，新型冠状病毒不同等位基因竞争机制的需要进一步进行研究。但对不同亚型的深入了解，将有助于新冠肺炎的差异化治疗和防控。

参考文献：

Xiaolu Tang , Changcheng Wu , Xiang Li , Yuhe Song , Xinmin Yao, et al. On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2 ；https://academic.oup.com/nsr/advance-article-abstract/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463 by guest on 04 March 2020