肠道微生物区域性研究

今天微生态汇总了近期医学微生物领域重要期刊 最新 的研究成果，包括 Nature子刊 、 The ISME Journ al、Cell Host & Microbe、Annual Review of Microbiology、Critical Reviews in Microbiology、Gut Microbes、mSphere、Envir onmental Microbiology 期刊。    为了方便各位小伙伴研读，我们整理了这些文章对应的pdf文档，有需要的小伙伴可以 免费领取 文献包（ 限48h ）。具体领取方式请参见 文末 。

Nature子刊

科研| Nature Communications：一项对konzo病常见地区人群的大规模肠道微生物组谱研究

本文由大头虾编译

目前我们对人类和肠道微生物群之间的共生关系的理解，很大程度上是基于西方工业化国家的发现。迄今为止，很少有研究调查了非洲和其他非西方社会中肠道菌群的结构和潜在作用。总的来说，对微生物组的研究加深了我们对细菌基本组成的理解，以及它们与地理环境、宿主遗传、年龄、营养、疾病以及饮食习惯的之间的关系。某些细菌属的丰度已被证明与不同的生活方式和地理位置有关。虽然这些区别背后的确切因素还不确定，但长期饮食、食物多样性和整体营养可能是重要的因素。基于此背景，2021年9月10日，美国俄勒冈健康与科学大学神经内科和公共卫生学院的Desire Tshala-Katumbay以及国国立儿童医院儿童研究所Eric Vilain等人在 Nature Communications 发表题为《The gut microbiome in konzo》的研究文章，该文章选择了来自刚果民主共和国（DRC，konzo病易发地区）的180名儿童（从城市化的首都金沙萨到刚果民主共和国西南部的极端农村地区，包括来自易发村庄的受konzo病影响的儿童）作为研究对象，利用鸟枪宏基因组测序技术，对研究人群的肠道微生物组谱进行了大规模比较。本文的数据加深了我们对非西方生活方式中的肠道微生物群的理解，同时也是对以有毒木薯为主要食物来源的人群肠道微生物群的首次调查。此外，这些数据显示，DRC的konzo易感区域的细菌和基因的富集可能会通过增强利那玛酶（人体肠道中水解和随后释放氰化物所需的关键酶）的活性而加剧氰苷的作用。 摘要： Konzo 病是一种明显的上肢运动神经元疾病，与含氰饮食和慢性营养不良有关， 主要影响撒哈拉以南非洲的儿童和育龄妇女。虽然导致这种疾病的确切生物学机制在很大程度上仍不清楚，但前人研究已证明宿主遗传学和环境成分，如肠道微生物群与其有关。本文从 刚果民主共和国（konzo最常见的地方）开展了一项180人的大型研究，研究了肠道微生物群的结构是如何随着地理环境而变化的，同时通过猎枪宏基因组测序，首次深入了解受这种衰弱疾病影响的儿童的肠道菌群 。本文证明肠道微生物组结构高度可变，取决于取样区域，但最有趣的是，我们发现了独特的细菌种类丰富和功能途径，可能调节刚果易感地区 konzo 的易感性。

论文ID

原名：The gut microbiome in konzo

译名：一项对konzo病常见地区人群的大规模肠道微生物组谱研究

期刊：Nature Communications

IF：14.919

发表时间：2021.09.10

通讯作者：Desire Tshala-Katumbay，Eric Vilain

通讯作者单位：美国俄勒冈健康与科学大学神经内科和公共卫生学院，美国国立儿童医院儿童研究所、乔治华盛顿大学医学和健康科学学院

DOI号：10.1038/s41467-021-25694-1

The ISME Journal

科研| The ISME Journal：物种间的相互作用改变细菌群落中的抗生素功效

本文由大头虾编译

英国曼彻斯特大学进化、感染和基因组学学部，约克大学生物学系的 Michael J. Bottery 等人于2021年10月9日在 The ISME Journal 发表题为《Inter-species interactions alter antibiotic efficacyin bacterial communities》的研究文章。该文章研究了铜绿假单胞菌P. aeruginosa和常见的CF共存S. maltophilia（包括CF唾液标本分离的菌株）之间的种间相互作用如何改变P. aeruginosa对碳青霉烯类、亚胺培南和美罗培南的敏感性。在模拟合成CF介质（synthetic CFmedia，SCFM）中CF肺的环境中使用模型群落，结合质谱和数学模型，我们量化并确定了群落介导的暴露防护的驱动因素。通过对照共培养试验，我们证明了S. maltophilia产生的固有β-内酰胺酶可以为P. aeruginosa提供抗生素暴露保护。虽然之前已经观察到β-内酰胺酶对抗生素的保护作用，但在本文中，我们证明了这种作用如何直接混淆临床相关治疗，帮助解释为什么在多微生物性CF肺部感染的治疗中，P. aeruginosa的临床敏感性与成功的结果相关性较低。我们的结果表明，抗生素治疗的生存能力是一个新兴的群落水平属性，CF肺微生物群可以放大或减弱针对P. aeruginosa的抗生素治疗的疗效。

摘要：传统的体外药敏试验以确定单一培养菌的最低抑菌浓度（minimum inhibitory concentration，MIC）为基础，不能很好地预测针对多菌群的抗生素治疗的疗效。其中一个原因是物种间的相互作用可以改变群落成员对抗生素的敏感性。在此，我们量化了来自临床样本的囊性纤维化（cystic fibrosis，CF）模型肺群落中，临床相关抗生素对铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）疗效的群落调节变化，并确定了其机制。我们证明多药耐药嗜麦芽窄养单胞菌Stenotrophomonas maltophilia可以为敏感的P. aeruginosa提供高水平的抗生素保护。染色体编码的金属-β-内酰胺酶对环境解毒提供了对亚胺培南的暴露保护，其保护作用依赖于S. maltophilia的细胞密度，并由CF唾液中分离的S.maltophilia 菌株提供，使P.aeruginosa的MIC提高了16倍。相比之下，S. maltophilia的存在对另一种常规使用的碳青霉烯美罗培南没有保护作用。数学常微分方程模型（Mathematical ordinary differential equation modelling）表明，对不同碳青霉烯类的暴露防护水平可以用抗生素疗效和灭活率的差异来解释。综上所述，这些发现揭示了利用预先发生的抗菌素耐药性和种间竞争可以对病原体的抗菌素敏感性产生很大的影响，突出了微生物生态学对设计多物种群落成功的抗菌素治疗的重要性。

论文ID

原名：Inter-species interactions alter antibiotic efficacy in bacterial communities

译名：物种间的相互作用改变细菌群落中的抗生素功效

期刊：The ISME Journal

IF：10.302

发表时间：2021.10.09

通讯作者：Michael J. Bottery

通讯作者单位：英国曼彻斯特大学进化、感染和基因组学学部，约克大学生物学系

DOI号：10.1038/s41396-021-01130-6

Cell Host & Microbe

科研| Cell Host & Microbe：效应基因网络的系统重建揭示了沙门氏菌Salmonella细胞和组织取向的决定因素

本文由大头虾编译

美国德克萨斯大学西南医学中心微生物学系的 Neal M. Alto等人于2021年9月17日在Cell Host & Microbe发表题为《 Systematic reconstruction of an effector-gene network reveals determinants of Salmonella cellular and tissue tropism 》的研究文章，该文章将靶向基因突变（targeted gene mutagenesis ）和表型引导的基因重组 结合到一起，鉴定了一个SPI-2 T3SS效应基因的合作网络，证明了该五基因网络（θ基因）协调SCV的分裂和沙门氏菌Salmonella的增殖。此外，沙门氏菌感染模型（Salmonella infection models）的对照揭示了宿主-组织的趋向性是由不同的效应基因网络决定的。

摘要：微生物在多生物群落中生存的最低遗传要求，包括宿主与病原体的相互作用，但目前我们对其仍然知之甚少。在本研究中，我们结合靶向基因突变（targeted gene mutagenesis）和表型引导的基因重组，鉴定了一个SPI-2 T3SS效应基因的合作网络，这些基因足以使鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella Typhimurium，STm）在自然宿主中致病。5个SPI-2效应基因通过协调细菌复制和含沙门氏菌的液泡 (Salmonella-containing vacuole，SCV) 分裂来支持病原体在宿主细胞质内存活。出乎意料的是，这个最小的基因库并不支持STm对小鼠的全身感染。活体筛选（in vivo screening）揭示了由spv操纵子编码的第二效应基因网络，它将STm的生命周期从细胞生长扩展到在小鼠伤寒模型中的深部组织定植。沙门氏菌感染模型（Salmonella infection models）的对照表明，在一个病原体组中，效应基因之间的合作是如何驱动组织趋向性的。

研究的亮点：

1. 基因组重建揭示了沙门氏菌Salmonella必需的SPI-2效应基因

2. 一个五基因网络（θ基因）协调SCV的分裂和沙门氏菌Salmonella的增殖

3. θ基因与spv操纵子共同诱导小鼠伤寒

4. 宿主-组织的趋向性是由不同的效应基因网络决定的

关键词：SPI-2 T3SS、鼠伤寒沙门氏菌Salmonella Typhimurium、效应蛋白，steA、sopD2、spv位点、sseF、sseG、    细菌发病机理

论文ID

原名：Systematic reconstruction of an effector-gene network reveals determinants of Salmonella cellular and tissue tropism

译名：效应基因网络的系统重建揭示了沙门氏菌Salmonella细胞和组织取向的决定因素

期刊：Cell  Host & Microbe

IF：21.023

发表时间：2021.09.17

通讯作者：Neal M. Alto

通讯作者单位：美国西奈山伊坎医学院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）

DOI号：10.1016/j.chom.2021.08.012

图文摘要

Annual Review of Microbiology

综述| Annu. Rev. Microbiol.：宿主-微生物群相互作用中的致病微生物

本文由艾奥里亚编译

美国西奈山伊坎医学院（ Icahn School of Medicine at Mount Sinai）的Graham J. Britton于2021年10月8日在 Annual Review of Microbiology 上发表了题为《Causative Microbes in Host-Microbiome Interactions》的文章，该单位的Jeremiah J. Faith担任该研究通讯作者。该综述中，作者描述了通过定义影响宿主生理和病理的特定共生微生物来尝试提高宿主-微生物群相互作用的分辨率。此外，作者讨论了驱动特定免疫细胞群发育、改变宿主代谢物和药物或对疾病产生因果关系的相关共生菌。在极少数情况下，这些相互作用的基础机制能够被理解并被解析到特定的代谢途径和分子相互作用的水平。然而，在大多数情况下，致病微生物仍未被识别，同时相关机制尚不清楚，这强调了解开这些相互作用的巨大复杂性所需的工作。

摘要：虽然目前已在微生物组和疾病之间鉴定出众多关联，但人类微生物组的复杂性阻碍了对宿主表型或疾病中致病的单个物种和菌株的鉴定。揭示致病微生物对于充分理解疾病过程和利用微生物群操作的潜在治疗益处至关重要。测序技术、动物模型和细菌培养的发展有助于更好的发现影响宿主的特定微生物，并能够开始推进宿主-微生物组相互作用机制的表征。本综述中，作者总结了从影响宿主生物学的微生物群中发现微生物所采取的传统方法和目前的实验方法，并描述了对免疫系统、炎症和代谢有特定影响的共生菌的例子。尽管如此，目前还有很多需要学习的地方，作者提出了该领域面临的挑战，并为寻找致病共生微生物时遇到的常见困难提出了潜在的补救措施。

关键词：免疫调节、微生物群、转基因动物、活体生物治疗产品

论文ID

原名：：Causative Microbes in Host-Microbiome Interactions

译名：宿主-微生物群相互作用中的致病微生物

期刊：Annual Review of Microbiology

IF：15.50

发表时间：2021.10.08

通讯作者：Jeremiah J. Faith

通讯作者单位：美国西奈山伊坎医学院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）

DOI号：10.1146/annurev-micro-041321-042402

Critical Reviews in Microbiology 综述| Critical Reviews in Microbiology：器官芯片系统与食物-肠道微生物-宿主相互作用研究的相关性  本文由大头虾编译 爱尔兰考克大学APC微生物组研究所的Paul D. Cotter等人于2021年9月30日在Critical Reviews in Microbiology发表题为《Relevance of organ(s)-on-a-chip systems to the investigation of food-gut microbiota-host interactions》的综述文章。 该文章通过 概述肠道菌群与饮食在人体健康中的相关性和相互作用 ，总结了（1）器官芯片（Organ-on-a-chip，OoC）系统的组成部分，（2）这些系统是如何用于基于微生物群的研究以及（3）它们在研究食物-肠道微生物-宿主相互作用之间的潜在相关性等内容。 OoC，更具体地说，肠道芯片（gut-on-a-chip）可以通过允许分析和成像技术来调查整体细胞系统（代表了活的人类肠道）的肠道结构、功能、生理和病理，这在其他复杂的体外和体外模型中是不可能实现的，例如形状和结构在恒定基础上或体内模型变化的类器官（organoids）。 而其中，研究食物-肠道-微生物群的相互作用最有利的特征是，肠道芯片使人类细胞与微生物在很长一段时间内稳定的共培养成为可能。 总之， 这些模型提供了关键的化学、分子、关于健康和诱发肠病的人类肠道对不同因素的反应的细胞和机械信息，在详细了解食品/食品成分和微生物群如何影响人类宿主方面有可能发挥关键作用 。

摘要：不断深入的了解肠道微生物组的组成和功能为理解和治疗人类疾病提供了新的机会。然而，用于体外和体内动物研究的模型并未提供人类所需的见解。因此，最近一种以体外细胞培养为基础的替代系统--器官芯片技术（organ-on-a-chiptechnology）引起了人们的注意，它是一种获取数据的方法，可以代表人类的反应。芯片器官系统（Organ-on-a-chip systems）旨在模拟传统二维组织培养中缺失的不同组织元素之间的相互作用。虽然它们传统上不包括微生物群组成部分，但芯片器官系统提供了一种潜在可利用的方法来描述微生物群和人体组织之间的相互作用，以提供更高的准确性。从饮食的角度来看，这些芯片上的微生物-器官组合（microbiota-organ-on-a-chip combinations）可以帮助研究人员预测特定食物和成分的消费对人类健康和疾病的影响。本文概述了肠道菌群与饮食在人体健康中的相关性和相互作用，总结了器官芯片系统的组成部分，这些系统是如何用于基于微生物群的研究以及它们在研究食物-肠道微生物-宿主相互作用之间的潜在相关性等内容。

关键词：肠道菌群、发酵食物、肠道菌群-食物轴、肠道芯片、器官芯片

论文ID

原名：Relevance of organ(s)-on-a-chip systems to the investigation of food-gut microbiota-host interactions

译名：器官芯片系统与食物-肠道微生物-宿主相互作用研究的相关性

期刊：Critical Reviews in Microbiology

IF：7.624

发表时间：2021.09.30

通讯作者：Paul D. Cotter 

通讯作者单位：爱尔兰考克大学APC微生物组研究所

DOI号：10.1080/1040841X.2021.1979933

宿主-微生物-食物相互作用不同模型的优点和局限性示意图（原文中图1）

Gut Microbes

科研| Gut Microbes：微生物代谢物丁酸盐抑制中性粒细胞功能并改善炎症性肠病的粘膜炎症（国人佳作）

本文由卓求编译

同济大学医学院附属上海市第十人民医院消化内科的刘占举和广州医科大学附属第三医院消化内科的李明松等人于2021年9月8日在Gut Microbes发表题为《Microbiota metabolite butyrate constrains neutrophil functions and ameliorates mucosal inflammationin in flammatory bowel disease》的文章，本研究通过外周中性粒细胞分离、qRT-PCR、ELISA、细胞迁移模型和免疫荧光实验设计，结合RNA测序基因技术考察细菌衍生代谢物丁酸盐对DSS诱导结肠炎小鼠中性粒细胞迁移及NETs形成的影响。此前研究显示，中性粒细胞作为免疫细胞的第一反应者，会被募集到炎性肠道粘膜处通过吞噬、脱粒和释放中性粒细胞胞外陷阱（NETs）来抵抗入侵微生物，同时，中性粒细胞也参与了炎症性肠病（IBD）的发生发展。虽然丁酸盐对免疫反应的作用已在不同的免疫细胞中揭示，但其对中性粒细胞的作用仍然未知，本文发现丁酸盐可以限制中性粒细胞的功能并有潜力成为治疗IBD的一个创新疗法。

摘要：宿主-微生物群串扰在维持肠道稳态中扮演了重要的角色。然而，细菌衍生的代谢物如丁酸盐如何调控炎症性肠病（inflammatory bowel disease，IBD）发病机制中的中性粒细胞功能仍然未知。本研究旨在探索丁酸盐对IBD中性粒细胞的作用及其在控制粘膜炎症中的治疗潜力。本研究从IBD患者和健康供体中分离出外周中性粒细胞，qRT-PCR和ELISA分别检测促炎细胞因子和趋化因子的水平，细胞迁移模型和免疫荧光分别用于中性粒细胞胞外陷阱（neutrophil extracellular traps，NETs）迁移和释放的检测。本研究在DSS诱导的结肠炎小鼠模型中评估丁酸盐对IBD中性粒细胞的调节作用，研究发现丁酸盐显著抑制IBD中性粒细胞产生促炎细胞因子、趋化因子和钙卫蛋白，用百日咳毒素（pertussis toxin，PTX）阻遏GPCR信号对此效应无明显影响而泛组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古霉素A（trichostatin A，TSA）可有效模拟丁酸盐的作用。另外，体外研究证实，丁酸盐可以抑制CD和UC患者中性粒细胞的迁移和NETs的形成，RNA测序分析表明丁酸盐对IBD中性粒细胞的免疫调节作用包括白细胞的活化、先天免疫应答和氧化应激反应的调节。与此一致的是，口服丁酸盐可以通过抑制中性粒细胞相关的免疫应答（如促炎介质和NET的形成）显著改善DSS诱导小鼠结肠炎的粘膜炎症。由此得出丁酸盐可以抑制中性粒细胞的功能并有潜力成为治疗IBD的一个创新疗法。

关键词：炎症性肠病、丁酸盐、中性粒细胞、中性粒细胞胞外陷阱、炎症介质

论文ID

原名：Microbiota metabolite butyrate constrains neutrophil functions and ameliorates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease

译名：微生物代谢物丁酸盐抑制中性粒细胞功能并改善炎症性肠病的粘膜炎症

期刊：Gut Microbes

IF：10.245

发表时间：2021.09.08

通讯作者：刘占举，李明松

通讯作者单位：同济大学医学院附属上海市第十人民医院消化内科；广州医科大学附属第三医院消化内科

DOI号：10.1080/19490976.2021.196825

mSphere

复旦大学 |mSphere：使用不同粪便收集方法对肠道宏基因组学和非靶向代谢组学数据的影响（国人佳作）

本文由大头虾编译

2021年9月15日，复旦大学生命科学学院 人类表型组研究院遗传工程国家重点实验室 郑琰青年研究员 等人在mSphere发表题为《Comparison of Fecal Collection Methods on Variationin Gut Metagenomics and Untargeted Metabolomics》的研究文章，该文章使用6种粪便收集方法收集了8名健康志愿者的88份粪便样本，进行全基因组鸟枪测序和非靶向代谢组学分析，确定了OMNIgene Gut、FOBT cards、RNAlater和Microlution是可靠的肠道宏基因组研究收集方法，并针对之后的粪便样本收集方法如何选择提出建议。     

摘要：高质量粪便样本的宏基因组学和代谢组学数据的综合分析为肠道微生物-人类相互作用的机制提供了新的线索。然而，关于粪便收集方法对宏基因组学和代谢组学的影响的数据很少。本文采用6种粪便收集方法【包括[GS，即在-80℃无溶液立即冻结]、95%乙醇、RNAlater、OMNIgene Gut、粪便潜血试验卡[fecal occult blood test，FOBT]和Microlution】收集8名健康志愿者的88份粪便样本，进行全基因组鸟枪法测序 (whole-genome shotgun sequencing，WGSS) 和非靶向代谢组学分析。评估的指标包括优势门的丰度和物种、基因和途径水平的α-多样性和β-多样性。本研究计算了微生物和代谢物的组内相关系数 (Intraclass correlation coeffificients，ICCs) 以估计 (i) 稳定性 (每种方法的第4天与第0天)，(ii)一致性 (每种方法与GS的第0天) 和 (iii) 可靠性 (每种方法与GS的第4天)。对于前4个门和微生物多样性指标，除95%乙醇外，大多数方法在物种、基因和途径水平上普遍具有较高的稳定性和可靠性，且不同的方法有相似的一致性。在代谢组学数据中，95%乙醇的稳定性、一致性和可靠性最高 (ICCs的中位数分别为0.71、0.71和0.65)。总之，与95%乙醇方法相比，OMNIgene Gut、FOBT cards、RNAlater和Microlution是可靠的肠道宏基因组研究收集方法。然而，95%乙醇是保存粪便代谢物特征的最佳选择。本研究建议，若要在大型人群研究中进行肠道宏基因组测序和粪便代谢组学分析，需使用单独的收集方法。

重要性：在大规模人群研究中，粪便收集方法的选择是研究肠道微生物与人体相互作用的关键。本研究探索了粪便收集方式和常温保存时间对肠道微生物群落组成变化；在物种、基因和途径水平上的微生物多样性度量；抗生素抗性基因和代谢组分析等方面的影响。我们的研究结果建议为不同的数据生成目的使用不同的粪便样本收集方法。OMNIgene Gut、FOBT cards、RNAlater和Microlution是可靠的肠道宏基因组研究收集方法。然而，95%乙醇虽然不是可靠的肠道宏基因组研究收集方法，但是保存粪便代谢物特征的最佳选择。

论文ID

原名：Comparison of Fecal Collection Methods on Variation in Gut Metagenomics and Untargeted Metabolomics

译名：使用不同粪便收集方法对肠道宏基因组学和非靶向代谢组学数据的影响

期刊：mSphere

IF：4.389

发表时间：2021.09.15

通讯作者：郑琰

通讯作者单位：复旦大学生命科学学院人类表型组研究院遗传工程国家重点实验室

DOI号：10.1128/mSphere.00636-21

Environmental  Microbiology

科研| EnvironmentalMicrobiology：肠道区域诱导乌珠穆沁羊胃肠道微生物群落变化：多区域分析（国人佳作）

本文由弈轩编译

中国科学院大学资源与环境学院与中国科学院环境科学微生物技术联合实验室余志晟等人于2021年9月20日在Environmental Microbiology发表题为《Gut region induces gastrointestinal microbiota community shift in Ujimqin sheep (Ovis aries): from a multi-domain perspective》的文章。 本研究选择了3岁体重45.5-53 kg的健康公羊。 收集每个胃肠道区域的肠道内容物，从多区域视角对乌珠穆沁羊胃肠道肠道菌群进行了研究。该研究对胃肠道如何影响微生物群落结构和相互作用的研究提供了基础，并阐明了在三个微生物域形成胃肠道微生物组合的生态机制 。

摘要：胃肠道（GI）微生物群是最复杂的微生物生态系统之一，在调节与营养吸收和稳态维持相关的生物过程中起着至关重要的作用。尽管在描述肠道区域的细菌群落方面已经取得了一些研究结果，但胃肠道非细菌群落的变化在很大程度上仍未被探索。为了解决这一问题，我们通过针对细菌、真菌和古菌的扩增子测序，研究了乌珠穆沁羊（Ovis aries）整个胃肠道的微生物区域。结果表明，三个区域的群落结构在胃肠道（胃、小肠和大肠）中均有显著的差异，并且基于跨域网络分析在小肠中检测到更强大、更有效的物种相互作用。此外，本文还揭示了胃肠道区域间微生物组装机制的区域间差异，其中细菌群落主要受变量选择控制（解释了~62%的类群更替），而真菌和古菌群落主要由均质扩散控制（解释了~49%和60%的更替）。总体而言，这些数据突出了胃肠道微生物结构和组装机制对胃肠道部分和结构域的依赖，表明在评估胃肠道选择对肠道微生物群落的影响时，应明确考虑多个区域。

结论：哺乳动物胃肠道微生物生态系统对宿主健康和性能的重要性已经得到很好的证实。我们的结果表明，与小肠和大肠相比，绵羊胃中有更多样化的细菌群落，这可能与外来微生物有关，因为从外部环境持续摄入。大肠真菌群落多样性最高。历次的研究揭示了真菌和细菌群落之间的紧密相关性，影响了群落的组装，我们的研究结果表明，微生物群落之间相对弱的竞争可能是大肠中真菌多样性较高的原因。物种间的负相互作用可能是由于对有限资源或空间的竞争而引起的，导致彼此排斥。因此，胃中真菌和细菌之间强大的竞争关系似乎可以抑制某些真菌的生长，而大肠中的真菌多样性随着这种竞争关系由弱变强。与细菌和真菌群落不同，古菌群落的多样性非常有限，而大多数古菌被定义为新物种，这表明未来需要进行功能宏基因组学筛选，以探索绵羊胃中多种古菌群落。

关键词：乌珠穆沁羊、胃肠道、微生物、肠道区域、多样性

论文ID

原名：Gut region induces gastrointestinal microbiota community shift in Ujimqin sheep (Ovis aries): from amulti-domain perspective

译名：肠道区域诱导乌珠穆沁羊胃肠道微生物群落变化：多区域分析

期刊：Environmental Microbiology

IF：5.491

发表时间：2021.09.20

通讯作者：余志晟

通讯作者单位：中国科学院大学资源与环境学院，中国科学院环境科学微生物技术联合实验室

DOI号：10.1111/1462-2920.15782