宏基因组分析专题（5）：从宏基因组数据中得到高质量的基因组数据- MetaBAT的安装和使用

本文由微科盟phage根据实践经验而整理，希望对大家有帮助。

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一、MetaBAT的安装和使用

参考官方文档：

https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/issues?status=new&status=open

1.1 安装前准备

要保证自己的linux系统相关的软件版本达到安装要求

gcc/g++ >= 4.9

boost >= 1.53

cmake >= 3.8.2

make >= 4.1

可以输入conda update –all 升级所有的软件包。

git clone https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat.git  #下载安装包

cd metabat    

mkdir build

cd build

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/metabat ..

make   #编译

make install

cd ..

rm -rf build

笔者在软件编译 (make) 这一步的时候出现了这样一个报错

图2

可以看到报错信息为antoheader没有找到，解决方法如下：

sudo apt-get install autoconf

我们在解决安装报错的时候一定要认真看系统反馈的报错信息才能更好的解决，当编译到100%的时候及编译成功。

图3

1.4 将MetaBAT加入到环境变量中

当安装成功时候，首先得把软件加入到环境变量中

export PATH=$PATH:$pwd #把当前目录加到环境变量中这只是临时的生效，永久生效请修改bashrc文件

二、运行MetaBAT

使用SRR1976948_1.fastq.gz，SRR1976948_2.fastq.gz 以及在上节通过megahit拼接的contig.fa文件

ln -s /mnt/f/微生态/*.gz #把文件软链接到我的当前工作文件夹 

MetaBAT的运行依赖bowtie2 Samtools 等软件

conda Install bowtie2

conda install samtools

bowtie2-build -f contigs.fa contig --threads 2

bowtie2 -1 SRR1976948_1.fastq.gz -2 SRR1976948_2.fastq.gz -p 2 -x

 final -S contig.sam

samtools view -@ 2 -b -S contig.sam -o contig.bam

samtools sort -@ 2 -l 9 -O BAM contig.bam -o contig.sorted.bam

jgi_summarize_bam_contig_depths --outputDepth contig.depth.txt contig.sorted.bam

metabat2 -m 1500 -t 2 -i contigs.fa -a contig.depth.txt -o all -v

三、在线的宏基因组分析网站

图4

图5

图6

这是通过kbase网站得到的结果可以看到共分出8个bins

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